Отважные космо-собаки Белка и Стрелка, путешествующие на космическом корабле, видят редкие образцы минералов где-то в поясе астероидов. Они рискуют своей жизнью, чтобы добыть минеральную породу, когда от советского командования поступает звонок, сообщающий о загадочном и опасном явлении водоворота в тропиках Атлантического океана.
Главные хвостатые герои, первые астронавты, возвращающиеся с миссии на Сатурн, отправляются на разведку. Тем временем их лучший друг, крыса Ленни, тоже пытается добраться до циклонов, отправляясь на Кубу в попытке разгадать тайну. Они замечают аномалию, которая выглядит как циклон. Когда они спускаются в бурлящие океанские впадины, их советский модуль падает в Карибское море. Крыса Ленни слышит об этом несчастье и решает отправиться в путешествие на поиски пропавших космонавтов.
Главные герои-собаки выполняют героическое задание, спасаясь из морских глубин, а также исследуют таинственный эффект водоворота. На тёмном дне плывет неожиданный враг: коварный пират-медуза.