Убийца Линч ожидает казни в камере смертников в Техасе. Но в последний момент, по поручению Abstergo Industries, заключенного доставляют в учреждение профессора Софи Рикин в Мадриде, где должны лечить пациентов с зашкаливающим уровнем насилия. Вскоре бывший преступник узнает, что за корпораций дальновидного гендира мистера Рикина возвышается современный Тамплиерский Орден. Миссия героя — найти легендарное яблоко из Эдемского сада и воспользоваться им для управления волей всех людей — и Линч вынужден в этом помочь. Используя разработанную Софи компьютерную машину под названием Анимус, он переносится в воспоминания своего предка Агилара, участника организации наёмных убийц. Только закаленный в боях центральный персонаж знает, где находится библейский объект желания. В то время как он жил в прошлом как Агилар и, таким образом, привел тамплиеров к яблоку, герой приобретает опыт у собственного предка: новые навыки, нужные в борьбе с тамплиерскими потомками...
